Après plusieurs décès inexpliqués à Hambourg, pour lesquels les morts ne présentent aucun symptôme de maladie, les services de santé réagissent : toutes les personnes qui ont été en contact avec les morts sont placées en stricte quarantaine, même s’il n’y a qu’une suspicion de contact. La « maladie de Hambourg » est bientôt évoquée dans les médias.

Au-delà de l’inexplicable épidémie, dont le parallèle avec celle de la peste noire est inévitable, La Maladie de Hambourg est avant tout une parabole sur la folie des hommes. Le réalisateur nous livre ici une exposition satirique de la société allemande, régie de manière brutale par l’armée, la police et tous les représentants du gouvernement qui obéissent aveuglément aux ordres de dirigeants qui prônent la répression et la désinformation.

L’origine de l’épidémie n’est jamais clairement définie, mais différentes pistes sont envisagées, comme celles d’un germe de synthèse échappé d’un laboratoire, d’une sonde spatiale qui se serait écrasée, d’un changement climatique, ou plus simplement celle de la sélection naturelle, la nature régulant elle-même ses erreurs… en l’occurrence l’espèce humaine !